辣椒根腐病主要危害甜、辣椒茎基部及维管束，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒;串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展;尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状，拔出幼苗，主根变为黄褐色，次生根坏死脱落;茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。
1 农业防治
(1)精选品种。选好并整好育苗地块。选择优质品种，并对种子进行浸种+ 种衣剂处理，并适期播种。 (2)实行与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
(3)田间管理。
①精耕细整土地，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根，施足基肥。
②定植后要根据气温变化，适时适量浇水，防止地上水分蒸发、苗体水分蒸腾，隔绝病毒感染。要喷施促花王3号，促花芽分化，多开花，多坐果。
③分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施辣椒壮蒂灵，增强植株营养匹配功能，使果蒂增粗，促椒体健康生长，增强抗病能力。
(4)定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90%。使幼苗茁壮成长。
2 化学防治
发病初期开始喷洒或浇灌36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、40%混杀硫胶悬剂500倍液。
3 生物防治
苗床使用3亿CFU/克哈茨木霉菌可湿性粉剂兑水喷淋，每平米2-4克，或移栽后3000倍灌根。也可喷洒2%宁南霉素水剂500倍液或0.5%菇类蛋白多糖水剂200～300倍液
